Chkdsk- постоянное срабатывание

Надеюсь, файловая система NTFS, потому что FAT32 уже морально устарела и очень чувствительна к сбоям в виду того, что она не журналируемая. Выполни полную проверку диска с помощью команды chkdsk Drive: /f Это снимет устанавливаемый системой так называемый "dirty bit" (означающий, что диск возможно содержит сбой) . Если проблема продолжает возникать - значит скорее всего что-то после/во время запуска системы заставляет Windows устанавливать этот dirty bit, и поэтому программа autochk.exe (стартующая при запуске системы - это установлено в ключе реестра "HKEY_LOCAL_MACHINESYSTEMCurrentControlSetControlSession Manager" в параметре "BootExecute") будет проверять этот диск. Проверить установлен ли этот бит можно с помощью команды: fsutil dirty query Drive: Ну, дальше уже методом исключения узнаёшь, что приводит к установке dirty bit. Если так получается, что эта программа ну хоть кровь износа, а нужна, то можешь просто принудительно отключить проверку диска при автозагрузке (даже если диск помечен как "грязный") с помощью команды: chkntfs /x Drive: Хотя последнее, конечно, не самый хороший способ.

Возможно в реестре включена ее автозагрузка. Посмотри в ветках HKEY_LOCAL_MACHINESOFTWAREMicrosoftWindowsCurrentVersionRun HKEY_CURRENT_USERSoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun

Проверяет все лог. диски, возможно есть ошибки на дисках D, E(если есть)

Эта утилита ничего плохого не делает... возможно ты неправильно выключаешь комп.