Как с помощью реестра сделать так, чтобы каждое окно проводника было отдельным процессом?

Никак, потому что проводником управляет и так один-единственный процесс - это раз, а второе - это делается не в реестре. Если камень не одноядерный, то на это есть специальные проги для разделения процессов по ядрам. А если одноядерный - то наоборот, чем процессов меньше, тем лучше.