Можно ли в GNU/Linux поменять обои на рабочем столе и тип сглаживания экранных шрифтов через коммпандную строку и...

можно конечно, но куда удобнее открыть в файловом менеджере домашний каталог, включить показ скрытых файлов и в зависимости от DE, настроить файлы конфигурации, так же после экспериментов с настройками при возникновении проблем, можно легко удалить эти файлы, система создаст их заново с настройками по умолчанию.. . Разумеется, зная команды и точный путь к файлам конфигурации, их можно настроить из командной строки...

у вас что стоит Ubuntu,Mandriva? http://www.ubuntologia.ru/