Подскажите какой программой можно создать меню для файлов формата MKV ?! Тобиш как на DVD-и дисках, выложить несколько

Ни как. Меню только в DVD делаешь сам, а Nero создает VideoCD или SVCD с меню или без автоматом из взятого из начала фильма кадра (картинки) или картинку можно задать самому, в видео меню как в dvd для выбора фильма выбрать картинку. Для DVD исходным форматом является MPEG-2 и для видеоСД тоже.