В здоровом теле -здоровый дух. А может в здоровом духе как раз и тело здоровое?...

Говоря о материальном и духовном, мы разное имеем в виду. Материальное и духовное - это два разных мира, два разных измерения, которые имеют векторную направленность "дух - материя" (но не наоборот) . Эти два измерения не пересекаются, не смешиваются. Материя (мы говорим о человеке) может по крохам черпать из духовного измерения. В выражении "В здоровом теле здоровый дух" и тело, и дух - все та же физическая субстанция. Под духом здесь понимается состояние и восприятие физических воздействий на наши пять физических органов чувств и не более того. Поэтому, да - в здоровом теле здоровый дух.