Отчество от нецерковного мужского личного имени Истома, частого у русских вплоть до XVII в. Больше сотни примеров содержит Сл. Тупикова, преимущественно из северной половины Европейской России; некоторые исследователи предполагают южное происхождение этой фамилии. Основа имени — Истома; возможно, имя связано с трудными родами (как и Томи