Очень русская фамилия, дворяне с 1586 года (ОГДР, III, с. 43). Но Шишкины, активные фамилии XVI века, имевшие дело с тюркским миром, т.е. хорошо ещё знавшие тюркские языки:
Шишкин Иван Васильевич, в 1549 — 1550 гг. сидевший в Казани и в 1550 году посланный в Москву (ПСРЯ, 29, с.62),
Шишкин Русин Никитич, посол в Ногаи в 156