Первая часть сложных слов со знач. первичности, предшествования + прототип, протоистория, протозвезда (тело, из к-рого образуется звезда) прото... Первая часть сложных слов в составе наименований духовных лиц и в некоторых других словах со знач. старшинства по отношению к тому, кто назван во второй части сложения + протодьякон, протоиерей.