Через какую программу можно фильм формата MKV переделать в AVI?

Почти ВСЕ видеоконверторы делают это...

это не форматы, а контейнеры, что в них хранится - надо ещё понять. Самая нормальный из бесплатных конвертеров - XVID4PSP .

JetAudio или ищи как JAD