Когда конфликтуют две программы-как этого избежать?

обязательно кто-то должен из них победить.. . таков закон...) ) если по делу, то какие ресурсы системы эти проги используют одновременно, логично предположить запускать эти программы отдельно от друг друга...

Смотря какие. Если Антивирусы, то желательно оставить один или хотя бы у одного отключить постоянное сканирование. Если что то другое - то нужно знать какие программы.