Linux. Как файловая система лучше?

На сегодняшний день это ext4. Если вы новичок то не используйте ext2. Журналирование стало стандартом на наш день и одним из основных залогов надежности. Если для домашнего компьютера - альтернативный вариант Reiser FS. Она несколько шустрее, но, допустим, восстановить удаленные данные на ней несколько сложнее, чем на ext3. Удачи.

Ext 2 или Ext 3 ...3 - стабильнее, возможность потери данных на ней ниже из за журналирования, но журналирование замедляет работу, поэтому для некритичных данных советую 2