Открыл вирус

Вирус надо удалять прежде всего! И иметь на компе нормальный антивирус . Теперь не факт, что удастся восстановить систему, но попытатся можно запустив восстановление, загрузившись с установочного диска .

некоторые вирусы сразу меняют атрибуты всех папок на "Скрытый", поэтому вы их не видите. В настройках Проводника (меню Сервис/ Свойства папки/ вкладка Вид - поставить птичку на "Отображать содержимое системных папок", снять птички на "Скрывать защищенные системные файлы" и "Скрывать расширения для зарегистрированных типов файлов", поставить точку на "Показывать скрытые папки и файлы". Затем нажать "Применить" и "Применить ко всем папкам" Загрузите бесплатную лечащую утилиту Dr.Web CureIt - http://www.freedrweb.com/cureit/?lng=ru или Dr.Web LiveCD - http://www.freedrweb.com/livecd/ или http://z-oleg.com/secur/avz/index.php и прогоните комп с их помощью. Ещё можно диск вытащить из комп-а, подключить ведомым к другому комп-у (с хорошим антивиром) и вылечить от вирусов. Наилучшие результаты для "лечения" от вирусов дает форматирование дискаС и установка винды на чистый диск (но при этом остальные разделы винта обязательно нужно проверить на наличие вирусов)

Говорить о том, что что-то пропало можно только, если Вы глядели на винчестер из-под чистой системы (перенос винчестера на другой компьютер, загрузка с LiveCD). Поэтому Вы совершенно неправильно ставите задачу. Для начала нужно избавиться от вируса. Лечиться из-под зараженной системы нельзя. Загружайтесь с LivеCD или в крайнем случае в безопасный режим. Скачивайте свежие версии автономных лечилок DrWeb (CureIt - [ссылка заблокирована по решению администрации проекта]) и Касперского (AVVPTool - [ссылка заблокирована по решению администрации проекта]) и пролечите систему.

не рой другому яму, сам туда попадёшь, так оно и получается. ставь хороший антивирус, удали сначала вирус свой, а потом придётся скорее всего по новой всю систему ставить, точно не могу сказать.