Откуда взялись эти фрагменты "Всего фрагментов MFT = 2"? Как можно исправить?

Это количество фрагментов файла $MFT, который лежит в корне тома ntfs. Можете попробовать его создать и увидите, что система ответит, что такой файл уже существует. По сути это обычный файл, но для нужд драйвера файловой системыю Фрагменты его образуются, когда места на диске остается менье 10%. Исправлять 2 фрагмента на 1 смысла нет. Дефрагментаторы - штука двусмысленная. Поняв достаточно глубоко устройство фС, я лично считаю, что они все вредны.