Скачиваю программу а там несколько папок и в одной из них написанно скопируйте файлы в папку с vst плагинами, как быть,

Значит, Вы скачали VST плагин. Его нужно скопировать в папку с VST плагинами, путь к которой задается ключом реестра HKEY_LOCAL_MACHINESOFTWAREVSTVSTPluginsPath. После копирования это плагин можно использовать в программе, которая работает с VST плагинами, например, FL Studio. Вот немного про предназначение и установку VST плагинов - Что такое VST плагины