Весной 1809 года произведён в генералы-от-инфантерии.

Во время русско-турецкой войны 1806—12 годов был главнокомандующим Молдавской армией (июль 1809 — март 1810), руководил боевыми действиями на левом берегу Дуная. Войска Багратиона овладели крепостями Мачин, Гирсово, Кюстенджа, разгромили у Рассавета 12-тысячный корпус отборных турецких войск, нанесли крупное поражение противнику под Татарицей.

С августа 1811 года Багратион — главнокомандующий Подольской армией, переименованной в марте 1812 во 2-ю Западную армию. Предвидя возможность вторжения Наполеона в пределы России, выдвинул план, который предусматривал заблаговременную подготовку к отражению агрессии.

Отечественная война 1812 года

В начале Отечественной войны 1812 года 2-я западная армия располагалась под Гродно и оказалась отрезанной от основной 1-й армии наступавшими французскими корпусами. Багратиону пришлось с арьергардными боями отступать к Бобруйску и Могилёву, где он после боя под Салтановкой перешёл Днепр и 3 августа соединился с 1-й западной армией Барклая-де-Толли под Смоленском. Багратион выступал сторонником привлечения к борьбе с французами широких слоёв народа, был одним из инициаторов партизанского движения.

При Бородине армия Багратиона, составляя левое крыло боевого порядка русских войск, отразила все атаки армии Наполеона. По традиции того времени к решающим сражениям всегда готовились как к смотру, — люди переодевались в чистое белье, тщательно брились, надевали парадные мундиры, ордена, белые перчатки, султаны на кивера и т. д. Именно таким, каким изображен на портрете, — с голубой андреевской лентой, с тремя звездами орденов Андрея, Георгия и Владимира и многими орденскими крестами — видели полки Багратиона в Бородинском сражении, последнем в его славной боевой жизни. Осколок ядра раздробил генералу берцовую кость левой ноги. От предложенной врачами ампут