Как ограничить скорость процессора программно, не через биос, или же ограничит ресурсы, потребляемые одним процессом.?

Это невозможно. Точнее, если вместе с системной платой идет утилита для управления ее настройками, то ее можно использовать ВМЕСТО BIOS Setup, но результат будет в точности такой, как и при установке через BIOS. Ну и в заключение - отключение кеш-памяти существенно снизит производительность процессора, ни никак не ограничит потребляемые им ресурсы.

Только через БИОС. Там можно выставить и частоту и отключить оба кэша.