В предложении "Я выдаю хорошо работающим сотрудникам премии" нужна запятая? Если судить по окончанию, то "работающим" - причастие.

Нет, здесь запятая не нужна. Потому что правило гласит : "Если главное слово стоит после причастия/причастного оборота, то запятая не ставится." Главное слово: сотрудникам Причастный оборот: хорошо работающим Удачи :)