Статья: В. И. Вернадский — ученый и организатор науки
Занимаясь организацией Украинской Академии наук, Вернадский большое внимание уделял также экспериментальным работам по живому веществу. Во время этих работ он познакомился с Н. Г. Холодным и подружился с ним на всю жизнь. На Старосельской биологической станции Холодный проводил эколого-физиологические и микробиологические исследования; здесь он впервые провел свою знаменитую работу с железобактериями, идея которой была подсказана ему Вернадским. Научные контакты Вернадского и Холодного осуществлялись по нескольких направлениям: совместная научно-организационная работа по линии Украинской Академии наук, рассмотрение различного рода научных проблем эволюционного, общебиологического и философского характера. Холодный воспринял от Вернадского биосферные идеи, использовал их в личных исследованиях, неоднократно обсуждал с ним вопросы, связанные с происхождением и развитием жизни на Земле.
По инициативе Вернадского была создана первая научная библиотека на Украине, получившая название Всенародной библиотеки Украины. Хорошо зная постановку библиотечного дела в стране и за рубежом, он сам наметил решения многих вопросов, связанных с развитием библиотеки. В 1919 г. Вернадский возглавил Временный комитет по основанию Национальной библиотеки Академии наук в Киеве. По его предложению в фонды библиотеки было включено ценнейшее книжное и рукописное собрание бывшей Киевской духовной академии, в основе которой лежала библиотека XVII—XVIII в. Киево-Могилянской академии. Находясь за пределами Украины (в том числе в зарубежных командировках), Вернадский всегда беспокоился за судьбу библиотеки, принимал участие в отборе книг для ее комплектования.
Как президент Украинской Академии наук, Вернадский 22 июня 1919 г. принимал участие в обсуждении Декрета Совета народных комиссаров и Совета народного хозяйства о введении на территории Украины международной десятичной системы мер и весов.
3 марта 1919 г, по предложению Вернадского Физико-математический отдел принял постановление об учреждении Комиссии по изучению природных богатств Украины — аналога КЕПС. Председателем Комиссии был избран Вернадский, в Комиссию вошли В. Г. Артоболевский, Г. Н. Высоцкий, И. И. Гинзбург, Н. Ф. Кащенко, В. А. Кистяковский, С. Е. Кушакевич, Б. Л. Личков, В. И. Лучицкий, С. П. Тимошенко, П. А. Тутковский, А. В. Фомин, М. В. Шарлемань и др. Главной ее задачей Вернадский определил исследование проблем электрификации Украины, — в это же время в Советской России по поручению В. И. Ленина началась разработка плана ГОЭЛРО.
Российская Академия наук в мае 1919 г. командировала в Киев академика А. Е. Ферсмана для установления связи с Украинской Академией наук. С ним в Петроград были посланы печатные материалы и протоколы заседаний Общего собрания и отделов Украинской Академии наук. Позже в воспоминаниях Вернадский напишет: «Между Украинской и нашей старейшей Академией сразу же установилась дружеская деловая связь и она нерушимо с тех пор держится».
Один из центров украинской науки формировался в Одессе. Е. С. Бурксер (впоследствии член-корреспондент АН УССР) организовал в Одессе радиологическую лабораторию. Летом 1918 г. он писал из Одессы Вернадскому: «Несмотря на то, что радиологическая лаборатория работала нерегулярно, несмотря на все случайные затруднения (отсутствие материалов, газа, электричества и др.), определяется содержание радия в полученных через Вас в Петрограде минералах и рудах».
Оценивая роль Вернадского в создании АН УССР, Н. Г. Холодный писал: «Его огромные знания и широкий кругозор помогли успешно решить поставленную задачу. Пребывание Владимира Ивановича на Украине было непродолжительным, но его кратковременная работа оставила глубокий след в научной жизни этой части нашей великой страны. Украинская советская общественность всегда будет с благодарностью помнить, что первые камни в основании Академии наук были заложены руками В. И. Вернадского».
После поездки в Крым Вернадский возвратился в Петроград. В апреле 1921 г. он послал из Петрограда письмо Крымскому, в котором объяснил невозможность своего возвращения в Киев. Его научная работа требовала литературы, архивов, техники исследований, которые были в Петрограде и Москве. На заседании Общего собрания 28 февраля 1921 г. в Киеве было зачитано письмо Вернадского с просьбой освободить его от административных обязанностей в Академии. До последних дней жизни Вернадский оставался академиком Украинской Академии наук (Академии наук УССР).
Со многими деятелями украинской науки и культуры Вернадский поддерживал оживленную переписку, которая не прерывалась и во время войны. Среди его корреспондентов — А. А. Богомолец, Е. С. Бурксер, К. Г. Воблый, Е. Ф. Вотчал, Г. Н. Высоцкий, Б. Д. Греков, И. П. Житецкий, А. Е. Крымский, В. И. Липский, А. Н. Никольский, И. Г. Пидопличко, И. ?