Можно ли считать X и Y-хромосомы гомологичными? 

X и Y хромосомы не являются гомологичными. Гомологичные хромосомы: (Х-хромосомы у женщин и аутосомы) , одна из которых получена от отца, а вторая от матери, образуют пары и различаются только аллелями полиморфных генов, унаследованными от каждого из родителей. Напротив, у мужчин Х- и Y-хромосомы совершенно разные, за исключением псевдоаутосомных участков, то есть коротких гомологичных участков на концах коротких плеч. Псевдоаутосомные участки фактически представляют собой 24-ю пару аутосом. В мейозе гомологичные аутосомы могут обмениваться своими участками. В яйцеклетках такая мейотическая рекомбинация может происходить и между Х-хромосомами. В мужских половых клетках рекомбинация между X-и Y-хромосомами в норме ограничена псевдоаутосомными участками. В женских соматических клетках одна из Х-хромосом на ранней стадии эмбрионального развития инактивируется, благодаря чему у мужчин и женщин число активных сцепленных с полом генов одинаково.