Не конфликтуют ли две ОС установленные на разные винты (виста и хр)

нет

Загрузка идёт с диска master, какие там операционки на slave не важно, так что не должно быть никаких конфликтов.

нет у меня три стояло xp-vista-seven и нормально, только стояли на разных разделах, а не на разных винтах)

Если правильно поставить, о будет всё гуд

вообще то ничего страшного но лучше этого не делать!