Почему Печорин переживает, что нарушил спокойствие контрабандистов

Потому что умён - сразу по-чувствова неладное, заинтересовался, всё подтвердилось - развлёкся по дороге к месту службы, совершенно не заботясь, чем его любопытство обернётся для этих людей.