В современной русской орфографии много несоответствий между написанием и произн?

В современной русской орфографии много несоответствий между написанием и произн??шением. Так, после шипящих согласных ш, ж пишется и, а не ы, несмотря на их твердость. Кроме того, есть написания с мягким знаком. См., например: тишина, жизнь, мышь, ложь, идёшь (сравните с другими твердыми согласными: бык, мыс, тын, идёт и т. д.). Как это связано с изменениями в истории русского языка и письменностью?