I am not seeing any students in that room или I don't see any students in that room объясните почему, пожалуйста?

I don't see, потому что глаголы восприятия  и выражения умственной деятельности (see, hear, think и т.д.) не изменяются в Present Continuous. Исключение - некоторые случаи использования глаголов think и see: think - если означает "обдумывать", see - если означает "встречаться, иметь встречу".