КАКИЕ ОКОНЧАНИЯ В Д,П У СУЩЕСТВИТЕЛЬНЫХ ПУСТОШЬ И РУКОПИСЬ (ОДИНАКОВАЯ ИЛИ РАЗНОЕ ОКОНЧАНИЯ ) ПОЧЕМУ ?

Окончание И. Одинаковое, потому что оба слова склоняются как сущ. Ж. Р , заканчивающиеся на "ь" в третьем склонении.

Если все же речь идет о склонении( о чем  стоит написать автору вопроса), то ответ будет таков : " В существительных третьего склонения пустошь  и рукопись в родительном, дательном и предложном падежах пишется И ". В женском роде могут стоять  и существительные первого склонения.   Ключевое слово в объяснении третье СКЛОНЕНИЕ.