Почему Пушкин наделяет Пугачева многими положительными качествами?

Потому что Пушкин принадлежал к обществу декабристов, и ему близок был их бунтарский дух против царя. Вспомнить стихотворение "Во глубине сибирских руд..." Хотя, как показывает время, декабристы были неправы. Пугачев оказался лишь инструментом в руках более хитрых людей-интриганов.  Пушкин, зная это, показал в "Капитанской дочке" трагедию восставших. революцию начинают идеалисты,  проводят откровенные бандиты, а пользуются результатами шулеры и авантюристы.