Как правильно написать НЕ или НИ? До настоящего времени не были выплачены ни предоплата, ни оплата за материалы.

Все правильно: До настоящего времени не были выплачены ни предоплата, ни оплата за материалы. Частица не пишется с глаголом как отрицание, а частицы ни усиливают отрицание. Аналогичный пример: не хочу ни молока, ни чая