Они походили на шёпот птенцов которые пробудились в гнезде. Ставиться запитая? (Если ставиться то почему?)

Да, ставится: Они походили на шепот птенцов, которые пробудились в гнезде. СПП, подчинительный союз "которые" соединяет 2 части предложения. 1)грамматическая основа: Они(подлежащее) похожили(сказуемое) 2) грамматическая основа: Пробудились (неопределенно-личное).