Почему у родителей с ямочками на щеках может родиться ребенок без них?

Потому что  предки родителей т.е у бабушки и дедушки не имели такой признак,как ямочки и ребенок унаследовал рецессивный признак-отсутствие ямочек.

это гены, сынок. Мутации и прочая светотень.