В какую веру крестил Иоан Креститель Иисуса и тех, кто был крещён ещё раньше?

Он был агностик

Своим крещением Иоанн олицетворял водное крещение, которым крестили апостолы. С тех пор, как на землю спустился Дух Святой необходимость в нем отпала, так как Он сам крестит огнем (Духом Святым) . Признаками является проявление даров (способностей).

Вообще-то правильнее будет Иоанн Креситель и не крестил он, а кресил. В словаре Даля: КРЕСАТЬ или кресить огонь, южн. зап. тамб. (крошу, кресал) высекать, рубить огнивом из кремня. | Кресить кого, воскрешать, оживлять. Игорева храброго полку не кресити, Слово о полку Игореве. Упрямого креси, а он в могилу лезет! -ся, быть высекаему. Кресанье ср. длит. креска ж. крес м. об. действие по глаг. Кресу нет, покою, житья, взнику, вскресу. Кресало, кресево ср. огниво, плашка. Кресенье ср. кур. тул. седьмой день недельный, воскресенье. Так что вопрос считаю некорректным ;)

В то, чтобы те, кого он крестил - признали Христа, как Мессию.

Ни в какую, Иоанн крестил крещением покаяния. Это символ. Люди исповедывали свои грехи, погружались в воду, символично умирая для старой жизни и символично воскресали для новой, ожидая дальнейшего раскрытия Мессии.