То что окраска водорослей зависит от пигментов,мы знаем, а вот почему в процессе эволюции у разных водорослей стали разные пигменты?

Это зависит от типа водоема, а так же от видов грунта и прочих нюансов, влияющих на изменение водорослей. Так же водоросли оказываются под влиянием пресной или же соленой воды, в связи с этим, окрас может меняться. И еще, одной из главных причин является глубина, на которой растут водоросли, по мере глубины, цвет у одного вида может меняться, с красного на зеленый. Еще одним фактором является солнечный свет, водоросли лежащие на поверхности водоема, меняют цвет под действием ультрафиолетового излучения.